先天食道闭锁术后的后遗症通常包括吞咽困难、呼吸道并发症等，严重程度不一。

后遗症的严重程度与患者的具体病情有关，如病变部位及范围、是否存在合并症等。及时发现并处理术后并发症可以减少后遗症的发生。

先天食道闭锁术后遗症可能包括狭窄或反流，这可能导致食物无法顺利通过而引起呕吐、体重下降等症状。

在治疗先天性食管闭锁的过程中，需密切监测患者的恢复情况，以早期发现并处理可能出现的后遗症。