皮肤囊肿手术后可能会留下轻微的疤痕。

皮肤囊肿手术需要切开皮肤以移除囊肿，这会导致一定的组织损伤，从而引起炎症反应和修复过程。虽然囊肿本身是良性的，但手术仍然会刺激局部免疫系统产生炎症细胞和因子，促进伤口愈合并形成新的胶原蛋白，这些都可能导致一定程度的色素沉着和组织纤维化，最终表现为可察觉的疤痕。

对于表浅且直径小于1厘米的囊肿，可能不需要缝合，仅需简单消毒后直接去除即可，此时通常不会出现明显的瘢痕增生。

术后患者应避免剧烈运动以及阳光直射，以免影响伤口愈合和减少疤痕形成的可能性。