肾结石碎石后肾萎缩可能是由于肾结石引起的尿路梗阻导致的继发性损害。

肾结石在肾盂内移动时会损伤黏膜，引起局部炎症反应，导致黏膜下纤维化和瘢痕形成，进而影响尿液引流，诱发肾盂积液。

长时间的尿液潴留会导致肾盂扩张和压力增高，进而使肾实质受到挤压和牵拉，长此以往就会引起肾皮质变薄甚至肾萎缩的情况发生。

如果患者存在长期的尿路梗阻或感染等情况，也可能会增加肾脏受损的风险，导致肾功能减退，从而引发肾萎缩的现象。

术后需定期复查以监测肾功能和结石状况，并遵循医嘱调整饮食结构，减少高钙、高盐食物摄入，预防肾萎缩的发生。