性别焦虑综合症的治疗效果因人而异，通常取决于个体配合程度及家庭支持。

个体配合程度是指患者主动参与治疗过程的程度以及遵循医嘱的情况。配合良好的个体更容易接受并适应新的性别角色，从而促进症状缓解。家庭支持涉及家人对患者的理解、接纳和支持，良好的家庭关系有助于减轻压力，促进康复。

对于少数不愿意或无法配合治疗者，可以考虑使用抗抑郁药等精神药物来改善情绪状态。

在处理性别焦虑综合症时，应关注个体差异，并提供心理支持与适宜的专业干预以帮助其调整心态，减少不适感。