胎心有胎芽5毫米不一定会胎停。

虽然胎心有胎芽5毫米时，胎芽大小与孕周不符，可能提示胚胎停止发育，但是也有可能是正常现象。因为每个孕妇的身体状况不同，所以出现胎心的时间也会有所差异。

如果孕妇没有其他不适症状，并且定期复查显示胎儿生长发育良好，则通常不会发生胎停。

若孕妇在孕期存在高血压、糖尿病等疾病史或既往有不良生育史，可能导致胎盘功能减退，进而影响胎心和胎芽的发育，此时胎心有胎芽5毫米可能属于异常情况，需警惕胎停的发生风险。

建议孕妇定期监测胎心和胎芽的变化情况，以评估胎儿健康状态。必要时，医生可能会建议进行超声检查来进一步确认胎儿的情况。