新生儿足跟血筛查未通过时，可以采取新生儿代谢疾病筛查、基因检测、靶向治疗、营养支持治疗、肝脏移植等治疗措施。

1.新生儿代谢疾病筛查

新生儿代谢疾病筛查是通过采集足部血液样本来分析是否存在某些先天性疾病的特定生物标志物，有助于早期诊断和干预。具体包括苯丙氨酸、酪氨酸等氨基酸水平测定。此筛查适用于评估新生儿是否患有遗传代谢性疾病，如苯丙酮尿症。

若结果异常，则需进一步确诊及制定个性化管理方案。

2.基因检测

基因检测通常采用聚合酶链反应技术扩增目标DNA片段，并对其进行测序以确定个体的遗传变异情况。针对上述提及的相关基因进行检测。该方法用于识别导致未通过足跟血筛查的潜在遗传原因，指导针对性治疗。须由专业人员在实验室中完成。

3.靶向治疗

根据基因检测结果，选择特异性阻断致病基因表达或功能异常蛋白的药物进行精准治疗。主要针对存在明确分子机制的遗传性代谢疾病。需要定期监测病情变化和药物效果。

4.营养支持治疗

营养支持治疗涉及调整患儿饮食结构，补充特殊配方奶粉或其他营养素，旨在优化其生长发育环境。对于部分因代谢障碍引起的未通过案例有益；实施前应评估患者耐受性和适宜性。

5.肝脏移植

肝脏移植手术从供体处获取健康肝脏，并将其植入患者体内以替代受损器官。当其他措施无法纠正严重肝功能不全时考虑使用。术后需终身服用免疫抑制剂以防排斥反应发生。

新生儿足跟血筛查未通过可能表明存在某些先天性代谢疾病，建议及时转诊至儿科内分泌科或遗传咨询师进行详细评估。