患者出现肚子痛、小便刺痛有褐色的症状，可能与药物因素、泌尿系统感染、泌尿系统结石、妇科疾病等原因有关，建议及时就医，在专业医生的指导下，进行针对性治疗。

1、药物因素：如正在服用庆大霉素普鲁卡因维B12胶囊、利福平片和四环素片等药物，这些药物的成分都具有刺激性，可能会损伤尿路黏膜，造成出血，与白带混合在一起，会出现褐色的情况。停药后可缓解，如果症状严重，建议遵医嘱暂停用药;

2、泌尿系统感染：如膀胱炎和尿道炎，膀胱炎患者的膀胱和尿道黏膜受到炎症因子的刺激，可能会出现小便刺痛的情况，当排尿时尿液对病变部位造成刺激，会加重不适症状，同时可伴有腰痛、发热等症状，可遵医嘱使用环丙沙星片、头孢呋辛酯片等药物进行治疗，尿道炎患者可使用头孢克肟分散片、甲硝唑片等药物治疗;

3、泌尿系统结石：比如肾结石、输尿管结石等，结石对输尿管或者肾脏造成损伤，当排尿时结石发生移动，可能会刺激局部神经，出现小便有褐色、刺痛的情况。如果结石较小，可能会通过尿液排出，如果结石较大，可进行体外冲击波碎石或输尿管镜碎石术等;

4、妇科疾病：如阴道炎，同房时过于用力可能会导致阴道黏膜受损，出现小便有褐色、刺痛的情况。建议平时要注意私处卫生，可以使用温水清洗外阴，缓解症状。

另外，子宫颈息肉、子宫内膜息肉等子宫病变，容易造成分泌物增多，在排尿时可能会对分泌物造成刺激，进而出现以上症状。可能需要进行手术切除治疗。