打了疫苗小便刺痛，可能是打完疫苗后的不良反应，也可能是泌尿系统感染、尿路结石、过敏等因素导致，需根据具体情况进行判断。

1、不良反应：大多数疫苗是经过处理后的疫苗，不良反应发生概率较小，但也有部分人群接种后出现小便刺痛的症状，尤其女性接种后出现小便刺痛的症状会更加明显，还可能伴有恶心、呕吐等不良反应，通常症状比较轻微，无需特殊治疗;

2、泌尿系统感染：如果患者在接种疫苗后出现泌尿系统感染，发生尿道炎、膀胱炎等疾病，炎症刺激尿道黏膜，导致黏膜充血、水肿、糜烂，排尿时尿液刺激糜烂面，可能会出现小便刺痛的症状。建议患者及时去医院就诊，进行尿常规检查。如果尿常规检查白细胞明显升高，则可以明确诊断;

3、尿路结石：患者发生尿路结石时，由于结石活动刺激尿路黏膜，导致黏膜充血、水肿、糜烂，也会引起小便刺痛的症状，可以通过泌尿系统超声检查明确诊断;

4、过敏：对疫苗中的成分过敏，可导致过敏反应，引起组织损伤，严重时也会引起小便刺痛。建议患者及时去医院就诊，进行抗过敏治疗。

接种疫苗后，应注意多喝水，避免饮酒、抽烟，避免食用辛辣、刺激的食物。如果小便刺痛的症状比较明显，建议及时就诊治疗。