巧囊手术同时输卵管疏通可以在医生指导下进行。

巧囊手术是针对巧克力囊肿的一种治疗方式，通过移除病变组织来缓解症状；输卵管疏通则是解决输卵管不通畅的问题，二者均属于妇科手术范畴。虽然存在一定的风险，但在专业医生操作下进行可有效控制风险，确保患者安全。

如果患者有生育需求且输卵管阻塞，则可以考虑在巧囊手术的同时进行输卵管疏通术。因为堵塞的输卵管会影响受孕，而巧囊手术后子宫内膜环境可能会改善，此时进行输卵管疏通效果更佳。

对于计划接受巧囊手术的女性来说，应充分了解手术的风险与收益，并遵循医嘱做好术前准备。术后应注意休息、避免过度劳累，以促进身体恢复。