做完肛瘘手术肛门痛，可能是正常术后反应，也有可能是感染、血栓性外痔、肛周脓肿等因素导致，建议前往肛肠外科就诊，查明导致疼痛的原因，并采取针对性治疗。

1、正常术后反应：做完肛瘘手术后，切口在恢复时，会出现组织充血、肿胀、疼痛的现象，一般随着时间延长，症状会逐渐缓解并消失，无需特殊治疗;

2、感染：如果肛瘘手术后未做好护理工作，可能会导致创面受到病原菌侵入，而引起感染，导致肛门部位出现疼痛症状，还可能会伴有红肿、流脓的现象。可在医生指导下使用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等抗生素控制感染，同时可以配合高锰酸钾溶液进行坐浴，也能够缓解肛周不适症状;

3、血栓性外痔：如果在做完肛瘘手术后形成血栓性外痔，会导致肛门部位充血、肿胀、剧烈疼痛，并且血栓性外痔本身就会引起肛门疼痛。此时需要进行手术治疗，比如血栓剥离切除术;

4、肛周脓肿：如果在做完手术后引起了肛周脓肿，会导致肛门部位出现充血、肿胀、剧烈疼痛的现象，主要是因为肛周脓肿会导致肛门部位出现化脓性感染，脓液刺激会引起肛门疼痛。可以遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星胶囊进行抗感染治疗，同时进行脓肿切开引流术治疗。

除了上述原因外，还可能是混合痔嵌顿导致，做完肛瘘手术后如果不注意饮食，如经常吃刺激性食物、喝酒等，可能会导致大便干燥，而在排便时会刺激肛门周围皮肤，引起做完肛瘘手术肛门痛的症状。建议调整饮食结构，如多吃富含纤维素的蔬菜和水果，多饮水，保持大便通畅。