怀孕40天自然流产通常可以流干净。

因为此时处于早期妊娠阶段，胚胎尚未形成，且子宫体积较小，因此胚胎及附属物容易从宫腔内完整排出，不会引起严重的并发症。此外，该时期孕酮水平较低，子宫对孕激素敏感性下降，也利于自然流产的发生和发展。

如果女性在怀孕期间出现阴道出血、腹痛等症状时，应及时就医以评估是否需要进一步处理。

对于自然流产后的情况，建议定期复查以确保完全流产，并监测恢复过程中的身体变化。日常生活中要注意个人卫生，避免感染，以免影响身体恢复。