柯萨奇病毒进入人体后，刺激机体产生特异性免疫应答，包括B细胞活化、分化为浆细胞，合成并分泌IgM和IgG类抗体。这些抗体能够识别并结合病毒表面蛋白，启动补体途径，导致病毒被吞噬细胞清除，同时激活炎症反应，协助清除感染。在感染得到控制后，大部分IgM抗体水平下降，而IgG水平持续存在，表示机体对柯萨奇病毒的记忆性免疫应答。因此，感染柯萨奇病毒后，机体会产生特异性抗体，以防止再次感染同种病毒。
对于某些特定亚型的柯萨奇病毒感染，由于个体差异或免疫状态的影响，可能不会出现明显的免疫应答或者无法产生持久的保护性抗体，此时虽然感染了病毒但没有产生抗体。
针对柯萨奇病毒感染的预防措施主要包括疫苗接种和个人卫生习惯。未感染者应注意环境清洁与通风，并避免与患者密切接触以防传染。感染过柯萨奇病毒的人则应在医生指导下定期监测自身健康状况，特别是心脏疾病高危人群，因为柯萨奇病毒感染可能导致心肌炎等并发症。
