肛门指检通常不会有副作用。

肛门指检是通过有经验的医生在无菌条件下进行的简单操作，不需要使用特殊的医疗器械，因此风险较低。此外，该检查还可帮助发现早期病变，指导后续治疗，减少因疾病进展带来的不良后果。

对于存在痔疮、肛裂等疾病的患者，在进行肛门指检时可能会导致疼痛加剧或出血的风险增加。如果患者的局部皮肤破损或者患有感染性疾病，则可能导致细菌进入血液循环系统引起全身性感染。

进行肛门指检前应告知医生是否存在任何不适感或特殊病史，并遵循医嘱做好术前准备以减少不适发生。术后注意保持肛门清洁卫生，避免剧烈运动以免影响伤口愈合。