扁桃体化脓尿液棕褐色可能是由于扁桃体化脓引起的局部微血管破裂出血，血液进入尿液所致。
扁桃体化脓多为急性化脓性扁桃体炎的表现，常由溶血性链球菌、葡萄球菌等致病菌侵袭扁桃体所致。在治疗过程中，如果患者的凝血功能异常或者服用抗凝药物，可能会导致局部毛细血管脆弱性增加，从而引起轻微出血，血液随尿液排出后会使尿液呈现棕褐色。
若患者存在泌尿系结石或肿瘤，则可能因结石摩擦或肿瘤组织坏死而引起出血，此时可出现扁桃体化脓伴有尿液棕褐色的现象。这主要是因为扁桃体化脓时炎症因子刺激周围淋巴结肿大，压迫输尿管，导致肾盂积水，进而引发尿路感染，出现上述症状。
针对扁桃体化脓引起的尿液棕褐色，应避免剧烈运动以减少血液循环加速的风险，以免加重出血症状。同时，建议患者注意休息，保证充足睡眠，有利于身体恢复。
