做完肛瘘手术阴囊疼可能是术后并发症如切口感染、血肿形成等引起的。

肛瘘手术通常涉及直肠和肛门区域，这些部位的组织结构与邻近器官紧密相连。在手术过程中，如果不小心损伤周围组织或未严格无菌操作，可能导致切口感染或血肿形成，引起阴囊部位的不适感。此外，如果术中使用的缝线不吸收或排异反应发生，也可能导致阴囊疼痛。因此，当发现阴囊疼痛时，应考虑是否为术后并发症，并及时就医进行评估和治疗。

患者可能需要服用止痛药物以缓解术后疼痛，但应在医生指导下使用非处方止痛药如布洛芬、对乙酰氨基酚等。

术后患者应注意观察伤口愈合情况，避免剧烈运动，以免加重阴囊疼痛。同时保持良好的个人卫生习惯，促进切口愈合，减少并发症的发生。