扁平疣的病程呈慢性，可自行消退，但也可采取扁平疣针挑、激光治疗、冷冻治疗、抗病毒药物、免疫调节剂等方法进行治疗。
1.扁平疣针挑
扁平疣针挑通过局部麻醉后使用专用工具挑破表皮，将扁平疣体摘除。此方法适合数量较少且已成熟的扁平疣。
2.激光治疗
激光治疗利用特定波长的光束直接破坏扁平疣组织，一般在门诊条件下进行。对于表浅、量少的扁平疣较为适宜。
3.冷冻治疗
冷冻治疗通过液氮快速冷冻扁平疣使其坏死脱落，通常在医院皮肤科完成。适用于局限性、面积较小的扁平疣。
4.抗病毒药物
抗病毒药物如氟尿嘧啶乳膏通过干扰病毒复制过程来抑制扁平疣生长。广泛用于各类扁平疣患者，根据医嘱选择外用或口服形式。
5.免疫调节剂
免疫调节剂可以增强机体免疫力，清除扁平疣中的病毒感染。适用于自身免疫功能低下导致的扁平疣复发或持续不愈的情况。
针对扁平疣的治疗，应避免搔抓患处以防感染扩散。同时注意保持良好的个人卫生习惯，以减少病毒传播风险。
