3个月婴儿枕秃可能是由维生素D缺乏、钙质缺乏、睡眠环境不当、头皮湿疹、头癣等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素D缺乏

维生素D有助于促进钙和磷的吸收和利用，其缺乏可能导致骨骼软化、生长迟缓等问题。补充维生素D是关键，可通过日晒或医生指导下的口服维生素D制剂来实现。

2.钙质缺乏

钙质对婴幼儿的骨骼发育至关重要，缺钙会导致颅骨软化，出现枕秃的现象。

可在医师指导下使用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3咀嚼片等药物进行补钙治疗。

3.睡眠环境不当

睡眠环境中的温度过高或者过低都可能影响宝宝的睡眠质量，导致出汗过多或过少，进而引起枕秃的发生。调整睡眠环境温度，保持适宜的湿度，有助于改善宝宝的睡眠质量。

4.头皮湿疹

头皮湿疹是由多种内外因素引起的皮肤炎症反应，可表现为红斑、丘疹、水疱等症状，严重时会引起瘙痒，导致孩子频繁搔抓头部，从而形成枕秃。患儿可以在医生指导下使用他克莫司软膏、吡美莫司乳膏等药膏进行局部涂抹。

5.头癣

头癣由真菌感染引起，具有传染性，可通过直接接触传播。典型症状包括脱发斑块、头皮屑增多和瘙痒。头癣的治疗通常需要使用外用抗真菌药膏或洗发剂，如酮康唑洗剂、二硫化硒洗剂等。

建议定期监测孩子的身高和体重增长情况，以评估维生素D和钙质补充的效果；同时注意观察是否有其他皮肤异常，如皮疹或干燥。必要时，可以带孩子到医院进行微量元素检测以及皮肤科专科检查。