疱疹40天仍然疼痛是不正常的。

疱疹40天后仍然疼痛是因为水痘-带状疱疹病毒感染后，病毒会沿着感觉神经分布，形成炎症反应，这种炎症反应会导致神经纤维出现水肿、充血的情况，进而诱发神经纤维的损伤，使患者出现疼痛的症状。

此外，若患者还伴有发热、头痛等症状，则可能是感染引起的全身性免疫反应所致。

建议患者在医生指导下使用阿昔洛韦乳膏、红霉素软膏等药物局部涂抹以促进愈合，并避免接触已知过敏原。

日常生活中还要注意休息，避免过度劳累，以免影响机体恢复。