心脏微创封堵器手术三个月后可以进行轻度至中度强度的跑步锻炼。

心脏微创封堵器手术主要用于改善心脏结构异常引起的心脏血流动力学改变。术后三个月左右，患者的伤口通常已经愈合，身体状态也逐渐稳定。适当的跑步锻炼可促进血液循环，但不会对心脏造成过大的压力，有利于病情恢复。

如果患者在术后的恢复过程中出现胸痛、呼吸困难等不适症状，则不建议立即开始跑步。此外，对于存在严重心血管疾病的患者，应遵医嘱逐步增加运动强度。

术后恢复期间，需注意遵循医嘱，定期复查以评估心脏功能，并根据医生指导逐步增加运动强度。同时保持良好的生活习惯，如戒烟限酒、均衡饮食，有助于促进身体康复。