每天早上三点胃疼可能是幽门螺杆菌感染、慢性胃炎、十二指肠溃疡、胃食管反流病、功能性消化不良等疾病的表现，这些疾病可能需要不同的治疗方法。因此，建议患者及时就医以确定具体原因并接受适当治疗。

1.幽门螺杆菌感染

幽门螺杆菌可在胃内产生毒素刺激胃黏膜，导致炎症和损伤，进而引起疼痛。这种细菌感染可能导致长期的胃部不适。根除幽门螺杆菌通常采用三联疗法或四联疗法，包括抗生素如克拉霉素、阿莫西林等联合使用以清除感染。

2.慢性胃炎

慢性胃炎是由各种原因引起的胃黏膜慢性炎症反应，持续存在炎症会导致胃壁肌肉痉挛性收缩，从而引起胃痛。患者可出现上腹部疼痛、饱胀感等症状。患者可以在医生指导下服用奥美拉唑、雷贝拉唑钠等质子泵抑制剂进行治疗。

3.十二指肠溃疡

由于胃酸分泌过多或黏膜防御功能减弱，十二指肠黏膜被胃液中的胃蛋白酶消化而形成溃疡，当溃疡面受到食物或者胃酸刺激时就会发生疼痛。典型表现为周期性的节律性上腹痛，多在两餐之间发作。患者可以遵医嘱口服H2受体拮抗剂如雷尼替丁、法莫替丁等药物来缓解症状。

4.胃食管反流病

胃食管反流病是由于食管下括约肌功能障碍等原因导致胃内容物反流入食管，引起的一系列临床综合征。由于胃内容物反流至食管，会引起胸骨后烧灼感、嗳气、恶心呕吐等症状。患者需要遵循医嘱服用促动力药如莫沙必利片、多潘立酮片等促进胃肠蠕动，减少胃内容物逆流。

5.功能性消化不良

功能性消化不良是指一组由多种因素引起的常见功能性胃肠病，其发病机制尚不完全清楚，可能涉及胃肠运动功能紊乱、幽门螺杆菌感染、遗传等因素。主要表现为餐后饱胀、早饱感、中上腹痛、中上腹烧灼感等症状。患者应遵照医生的意见，通过饮食调整、行为认知疗法等方式改善症状。

建议定期复查胃镜检查以及碳呼气试验，监测病情变化。注意保持良好的生活习惯，避免暴饮暴食和过度饮酒，有助于减轻胃部不适症状。