睡觉起来肩膀疼可能是睡眠姿势不当、枕头过高引起的，也可能是肩周炎、颈椎病、肌纤维组织炎导致的。这些都属于比较严重的疾病，如果不及时治疗，可能会导致病情加重，甚至引起其他并发症。因此，建议患者及时就医，以便进行针对性治疗。
1.睡眠姿势不当
睡眠姿势不当可能导致肌肉过度拉伸或压迫，引起局部血液循环受阻和缺血缺氧，从而导致醒来后出现疼痛。日常生活中注意保持正确的睡姿，选择合适的床垫和枕头高度，以减少不适症状的发生。
2.枕头过高
使用过高的枕头会导致颈部处于过度屈曲的状态，使颈部肌肉长时间紧张、痉挛，进而诱发疼痛。调整枕头的高度至适宜水平，如侧卧时枕头高度为一侧肩宽即可。
3.肩周炎
肩周炎是由于长期慢性劳损、外伤等原因导致的肩关节周围软组织无菌性炎症反应。炎症因子刺激周围的神经组织，可表现为肩部疼痛，夜间睡眠时由于体位改变可能加剧疼痛。患者可以遵医嘱服用非甾体抗炎药进行止痛治疗，例如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等。
4.颈椎病
颈椎病是由颈椎退行性变所导致的一种常见的骨骼系统疾病，当突出的椎间盘或增生的骨刺压迫到邻近的颈神经根时，就会产生上肢放射性麻木、疼痛等症状，在睡眠中由于枕头过高或者姿势不正确，可能会加重这些症状。对于轻度的颈椎病患者，可以通过热敷的方式缓解病情，也可以通过针灸等方式来改善病情。
5.肌纤维组织炎
肌纤维组织炎是指由寒冷、潮湿、慢性劳损等因素导致的肌肉和筋膜发生无菌性炎症，炎症刺激周围组织，会引起局部充血水肿，从而导致疼痛的情况发生。患者可以在医生指导下口服美罗昔康胶囊、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。
建议定期进行体检，包括X光检查、MRI扫描等，以评估颈椎和肩关节状况。适当的运动可以帮助加强肩部肌肉力量，但应避免剧烈活动以免加重疼痛。
