三岁宝宝夜里磨牙可能是由维生素D缺乏、钙质缺乏、蛔虫感染、牙齿咬合不正、睡眠障碍等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素D缺乏

由于体内维生素D不足导致钙磷吸收不良，引起骨骼发育异常和神经兴奋性增高。通过日晒、食物摄取或补充维生素D制剂来改善状况。

2.钙质缺乏

当机体缺钙时会导致神经肌肉兴奋性增强，从而出现夜间磨牙的现象。可通过食用牛奶、虾皮等含钙量较高的食物进行补钙，必要时也可以遵医嘱服用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3咀嚼片等药物进行治疗。

3.蛔虫感染

蛔虫寄生在小肠内，可分泌毒素刺激肠道黏膜，产生炎症反应，进而影响消化功能。这些因素可能导致夜间出现腹部不适感，进而表现为磨牙。驱虫治疗是主要手段，可选用阿苯达唑片、甲苯咪唑片等广谱驱虫药。

4.牙齿咬合不正

咬合关系紊乱可能会影响颞下颌关节的功能，导致其处于不稳定状态，在睡觉时可能会因为肌肉紧张而出现磨牙的情况。可以通过佩戴功能性矫治器如肌功能矫正器来调整咬合关系，改善症状。

5.睡眠障碍

睡眠障碍是指入睡困难、频繁醒来或早醒等情况，这些都可能导致睡眠质量下降，进而诱发夜磨牙的发生。睡前使用放松技巧如深呼吸练习可以帮助缓解压力，促进更好的睡眠质量。

建议定期带孩子到医院做微量元素检测以及大便常规化验，以排除其他潜在的问题。此外，保持良好的口腔卫生习惯也是至关重要的，可以有效预防龋齿和其他口腔疾病的发生。