胎儿三个月查是畸形可能是染色体异常、基因突变、药物副作用、放射线暴露或内分泌失调引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.染色体异常

染色体异常是指染色体数目、结构发生变化，导致细胞分裂和分化异常，影响胎儿发育。针对染色体异常引起的胎儿畸形，可以考虑进行羊水穿刺等产前诊断技术来评估胎儿的染色体状况。

2.基因突变

基因突变可能导致蛋白质功能障碍，影响胚胎器官形成和组织分化，引起胎儿畸形。例如，通过全外显子测序可检测特定基因突变，指导针对性治疗或提供遗传咨询。

3.药物副作用

某些药物干扰细胞信号通路或代谢过程，在怀孕期间使用可能会影响胚胎发育，导致胎儿畸形。孕期用药需谨慎，若必须服用，应在医生指导下选择对孕妇和胎儿安全性较高的药物，如叶酸。

4.放射线暴露

电离辐射能直接损伤DNA分子，导致染色体断裂或重组，造成胎儿先天性缺陷。减少电离辐射暴露是预防辐射所致胎儿畸形的关键。孕妇应远离放射源，特别是在孕早期。

5.内分泌失调

内分泌失调可能导致激素水平不平衡，间接影响胎儿生长发育，增加胎儿畸形风险。内分泌紊乱可通过激素水平检测确诊，如黄体酮测定、雌二醇测定等，然后遵医嘱使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行调理。

建议定期进行超声波检查以监测胎儿发育情况，同时注意营养均衡，避免接触化学物质和有害环境。必要时，可在医师指导下进行无创DNA检测，进一步评估胎儿健康状态。