扁桃体囊肿可以服用阿莫西林、头孢克洛、头孢呋辛酯、青霉素V、甲硝唑等药物进行治疗。由于扁桃体囊肿是一种较为复杂的疾病，建议患者及时就医以获得专业的诊断和治疗。

1.阿莫西林

阿莫西林适用于治疗细菌性感染引起的扁桃体囊肿。该药物具有抗菌作用，能够抑制细菌细胞壁合成。

肾功能不全患者应慎用本品。

2.头孢克洛

头孢克洛可用于敏感菌所致的扁桃体炎、咽峡炎等病症。其通过干扰细菌细胞壁合成而发挥杀菌作用。 服用时需注意可能出现皮疹、瘙痒等症状。

3.头孢呋辛酯

头孢呋辛酯可作为革兰氏阳性菌和阴性菌感染导致的扁桃体囊肿的治疗选择。此药物能有效阻断细菌蛋白质合成过程。 对本品过敏者禁用。

4.青霉素V

青霉素V适用于对青霉素高度敏感细菌所引起扁桃体化脓性疾病的治疗。本品属于β-内酰胺类抗生素，可以抑制细菌细胞壁合成从而起到杀灭细菌的作用。 使用前须做青霉素钠皮肤试验，结果呈阳性反应者禁用。

5.甲硝唑

甲硝唑对于厌氧菌感染引发的扁桃体囊肿有治疗效果。本品可特异地作用于细菌DNA代谢过程中转肽酶系统的巯基，使细菌死亡。 帕金森病及精神病患者禁用。

针对扁桃体囊肿，除以上提及的药物外，还可遵医嘱使用复方氯己定含漱液进行口腔护理。此外，建议患者平时要注意休息，避免剧烈运动，以免加重病情。饮食上宜选用清淡易消化的食物，如米粥、面条等，避免辛辣刺激性食物，以减少对咽喉部的刺激。