眼角长扁平疣可以通过维A酸类药物、激光治疗、冷冻治疗、光动力疗法、免疫调节治疗等方法进行治疗。
1.维A酸类药物
维A酸通过调节表皮细胞分化来发挥作用，能促进角质形成细胞成熟和脱落。例如，他扎罗汀可通过外用软膏形式涂抹于患处。此药物适用于轻至中度扁平疣患者。使用时需注意可能出现皮肤干燥、脱屑等不良反应。
2.激光治疗
激光治疗利用特定波长的光束直接破坏异常组织，如二氧化碳点阵激光可有效摧毁扁平疣。该技术适合小型、表浅扁平疣。治疗后可能有短暂红肿、结痂现象。
3.冷冻治疗
冷冻治疗即液氮冷冻，能使扁平疣组织迅速冻结而被破坏；一次治疗可能需要多次才能完全去除。对于数量较少且位置易受冻伤者不宜采用此法。
4.光动力疗法
光动力疗法是将光敏剂局部应用到皮肤上，并在特定波长光源照射下产生氧化应激反应以杀灭扁平疣细胞的一种方法。光动力治疗对颜面部扁平疣有一定效果，但需多次治疗。
5.免疫调节治疗
免疫调节治疗旨在增强机体免疫力以对抗病毒感染，如干扰素注射可以抑制病毒复制。此方法适合广泛分布或难治性扁平疣病例。实施前须排除与其他疾病相关风险。
针对眼角扁平疣，建议避免搔抓以防感染扩散或形成疤痕。同时，保持良好的个人卫生习惯也有助于减少病原体传播风险。
