做完肛瘘手术后咳嗽可能是术后感染引起的呼吸道炎症反应。

因为肛瘘手术过程中会使用麻醉药物，并且需要切开或切除病变组织，这会导致身体免疫系统受到一定程度的抑制，使得患者的抵抗力下降。此时如果术中或者术后未做好伤口护理工作，可能会诱发细菌滋生，引发感染，进而影响到肺部健康，出现咳嗽的症状。

患者在术后还可能出现发热、脓性分泌物增多等现象。

术后应密切观察排便情况以及伤口愈合过程中的任何不适症状，及时就医处理以减少并发症的发生风险。