儿童心内膜炎主要由病原体感染引起，由于免疫系统的不成熟，易受感染且难以控制。

儿童心内膜炎是由于病原体如链球菌、葡萄球菌等通过血液循环进入心脏内膜，在该处增殖并引发炎症反应。由于儿童免疫系统发育尚未完全成熟，无法有效抵御病原体入侵，从而容易受到感染。同时，一旦感染发生，由于机体免疫应答不足，难以迅速清除病原体，导致感染持续存在，进一步加重炎症反应。这些因素共同作用下，使得儿童心内膜炎的病情进展较快，需要积极诊治。

在某些罕见情况下，真菌也可能成为儿童心内膜炎的致病原因，这通常发生在免疫力低下的儿童身上。

预防儿童心内膜炎的关键在于早期诊断与治疗潜在的心脏疾病，并确保定期体检以监测心脏健康。家长应注意观察孩子是否有心悸、呼吸困难等症状，并教育其保持良好的个人卫生习惯，避免接触可能带有病原体的物品或环境。