黄连上清丸小便刺痛在临床上较为常见，可能是黄连上清丸不良反应引起，也可能是合并其他疾病，如泌尿系统感染、尿路结石等原因所致，建议患者及时前往医院就诊，明确诊断后根据原因进行相应治疗。

1、黄连上清丸不良反应：部分患者使用黄连上清丸后可能出现大便次数增多、腹痛、腹胀、皮疹、瘙痒、头晕、乏力等症状，属于药物的不良反应，一般停药后症状会自行消失。如果无法缓解需要及时停药，并在医生指导下使用其他药物进行治疗;

2、泌尿系统感染：黄连上清丸具有清热、泻火的作用，可以用于治疗上焦风热、肺胃热盛证导致的小便刺痛，还可以治疗大肠火热导致的口舌生疮、牙齿疼痛、咽喉肿痛、口舌生疮等症状。如果患者泌尿系统有感染性疾病，如尿道炎、膀胱炎等，服用黄连上清丸后可能会加重感染症状，小便刺痛的症状也会随之加重。此时需要根据疾病的类型选择合适的药物，如细菌感染可以使用头孢菌素类药物，如头孢克肟片等，病毒感染可以使用阿昔洛韦片等药物;

3、尿路结石：如膀胱结石等，黄连上清丸本身并不能治疗尿路结石，因此在服用黄连上清丸后小便刺痛的症状并不会缓解。小便刺痛是因为结石移动，对尿路黏膜造成了损伤所致。此时可以通过多饮水促进结石排出，当结石无法排出时可以通过体外冲击波碎石或手术取石进行治疗;

4、其他原因：如尿路感染、膀胱过度活动症等，也可以导致黄连上清丸小便刺痛，其中尿路感染的患者还会出现尿频、尿急、尿痛等症状，可以使用头孢克洛胶囊等药物进行抗感染治疗。