对于体积较小且为良性囊肿的患者，一般不需要手术治疗，定期复查即可；而对于恶性的囊肿则需要通过手术的方式将病灶完整摘除，以免导致病情进一步加重。如果囊肿较大或者存在破裂、扭转等风险因素，则建议采取手术方式处理，以减少潜在的风险。
针对某些特定类型的囊肿，如功能性囊肿或黄体囊肿，由于其具有一定的自限性，在排除恶性可能后，可遵医嘱使用药物保守治疗，如甲睾酮、孕三烯酮等。
在诊断为卵巢囊肿时，应避免不必要的焦虑，同时关注月经周期的变化，并遵循医生的指导进行定期检查。若出现腹痛、恶心呕吐等症状应及时就医，以便及时发现并处理任何变化。