新生儿先天性膈疝手术的风险因个体差异而异，通常取决于患儿的整体健康状况以及是否存在并发症。

手术本身是一种侵入性的干预措施，可能会对新生儿造成额外的压力和损伤。此外，膈疝可能会影响肺部发育或其他重要器官的功能，进一步增加手术风险。对于存在复杂合并症或并发症的患者，需要更加谨慎地评估手术风险，并采取相应的预防措施以减少术后并发症的发生。

若新生儿先天性膈疝伴有严重的心肺功能不全、呼吸困难等情况时，手术风险会相应增加。

围手术期管理是降低新生儿先天性膈疝手术风险的关键环节，包括优化心肺功能、维持水电解质平衡等。同时应密切监测患儿的生命体征，及时处理可能出现的并发症。