肛门指检后轻微腹痛是正常的生理现象，但剧烈腹痛可能是肠梗阻等疾病引起的。

肛门指检时会刺激直肠壁，引起轻度腹痛，这是正常反应。而剧烈腹痛则表明可能存在器质性病变，需进一步排查病因。

如果患者在进行肛门指检的过程中存在暴力操作、动作粗暴或使用器械不当等情况，则可能会导致局部黏膜损伤，进而引发疼痛症状。此外，若患者本身存在痔疮、肛裂等问题，在指检过程中也可能出现不适感。

因此，在进行肛门指检时应避免过于紧张，并告知医生任何不适感受。如有持续或加剧的腹痛，应及时报告以评估是否需要进一步处理。