胎儿心脏动脉转位手术的风险因人而异，通常取决于手术前的心脏功能评估、新生儿出生时的体重以及是否存在合并症。

该手术旨在纠正先天性心脏病中的心脏位置异常，改善血液循环，但涉及复杂的解剖结构和生理过程，因此存在一定的风险。术中可能发生的并发症包括心律失常、脑损伤等，这些都与手术本身及患者的身体状况有关。

如果胎儿在宫内出现严重的缺氧或水肿，则需要考虑终止妊娠，以免影响胎儿的健康发育。

孕期及分娩前后，建议定期进行超声检查以监测胎儿心脏发育情况，如有任何不适或疑虑，应及时咨询专业医生。