做了肛瘘手术后流脓且有臭味，可能是术后感染引起的。

因为肛瘘手术是一种开放性手术，在操作过程中会对肛门周围的皮肤造成一定的损伤，如果在术后没有做好护理工作，可能会引起细菌滋生，从而诱发感染的发生。此时可遵医嘱使用抗生素类药物进行治疗，如头孢克肟颗粒、阿莫西林胶囊等。日常生活中还要注意保持患处清洁干燥，以免加重病情。

除了感染外，还应考虑是否存在伤口愈合不良、复发或并发疾病等情况。针对这些特殊情况，需要密切监测病情变化，并及时就医接受专业评估和处理。

患者需定期复查以评估恢复情况，避免过度劳累和进食辛辣刺激食物，确保身体处于良好的状态，促进肛瘘术后的顺利康复。