胃肠菌群失调可以考虑使用双歧杆菌制剂、乳酸菌素、枯草杆菌、肠球菌等益生菌制剂进行治疗。由于胃肠菌群失调可能与多种疾病相关，建议在就医后根据具体情况选择合适的药物治疗。

1.双歧杆菌制剂

双歧杆菌制剂适用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀。该药物能够抑制有害细菌的生长，促进有益菌繁殖，恢复肠道微生态平衡。使用时需注意个体过敏史，对症处理，调整饮食结构和生活习惯。

2.乳酸菌素

乳酸菌素可改善胃肠道菌群失调引起的相关症状如消化不良、食欲不振等。此药能增强机体免疫功能，调节胃肠道内正常菌群比例。本品与其他药物同时使用可能会发生相互作用，因此需要咨询医生后再服用。

3.枯草杆菌

枯草杆菌用于治疗由敏感菌株引起的腹泻，其具有抗梭状芽孢杆菌的作用，有助于恢复正常肠道微生物平衡。对于严重免疫缺陷患者或其他接受免疫抑制治疗者，应谨慎使用。

4.肠球菌

肠球菌可用于治疗因敏感菌株引起的轻度至中度感染，该菌能产生多种酶类，包括蛋白水解酶、核酸酶及磷脂酶C等，在体内发挥抗菌作用。本品仅供口服，不可与含铝制品同服。此外，还应注意观察是否有药物不良反应发生。

针对胃肠菌群失调，建议采取均衡饮食，减少高脂肪、高纤维食物摄入，以减轻不适症状。必要时，可遵医嘱使用促胃肠动力药如莫沙必利片、多潘立酮片等改善症状。