肛门疣通常不会引起肛门疼痛，但有时可能伴有轻微不适感。

肛门疣主要是由人乳头瘤病毒感染引起的，其生长缓慢且传染性强，一般不会出现明显疼痛的症状。但在特殊情况下，如疣体较大、摩擦刺激等，则可能出现轻微疼痛的情况。

如果患者在患有肛门疣的同时还存在痔疮或肛裂等问题，那么肛门疼痛的可能性会增加。

因此，在诊断肛门疣时，应考虑是否存在共存疾病，并采取适当的治疗措施以减轻症状。