打完疫苗小便有刺痛，一般属于疫苗的不良反应，可自行缓解。但也有可能尿痛症状持续时间较长，或伴有其他不适症状，如尿频、尿急、尿液浑浊等，与疫苗的不良反应相似，常见的原因有以下几种：

1、针头损伤：在接种疫苗的过程中，采用打针的方式将疫苗注入人体，由于针头对于尿道黏膜存在一定的损伤作用，可能使患者在接种后出现排尿刺痛的症状，一般情况下可自行缓解，无需特殊治疗;

2、药物过敏：部分患者对疫苗中的某种成分过敏，可产生排尿刺痛的症状，若过敏症状持续时间较长或刺痛症状较为严重，可在医生指导下使用抗过敏药物进行治疗;

3、细菌性尿道炎：多见于女性患者，由于女性尿道较短，靠近肛门，容易被细菌感染，引发尿道炎症，出现排尿刺痛的症状。建议患者注意保持私处卫生，勤换内裤，在医生指导下使用抗生素进行治疗;

4、外伤：在接种疫苗后，剧烈运动或长时间骑跨等因素也可损伤尿道，引起排尿刺痛的症状。建议患者注意休息，避免加重尿道损伤，可适当饮水促进排尿。

此外，膀胱炎、肾盂肾炎等泌尿系统疾病也可导致排尿有刺痛感，通常还可伴有尿频、尿急、尿液浑浊等症状，建议患者及时就医进行治疗。