HPV疫苗不会影响扁平疣的发展，因为扁平疣是由低危型HPV感染引起的皮肤病变，而HPV疫苗主要针对高危型HPV感染。
HPV疫苗中的活性成分能够诱导机体产生针对特定高危型HPV的免疫应答，从而保护免受这些病毒的侵袭。而扁平疣所涉及的是低危型HPV，因此接种该疫苗对其无直接作用。但是，由于HPV疫苗可预防多种高危型HPV感染，提高免疫力有助于抵御其他潜在风险，所以还是有必要按计划完成疫苗接种的。
若患者在注射HPV疫苗后出现发热、头痛等不适症状，且持续时间较长，则需考虑是否为药物副作用导致的免疫反应，建议及时就医以排除其他潜在病因。
在接受治疗或接种HPV疫苗期间，注意观察自身皮肤变化，避免搔抓扁平疣以防继发感染。同时还要保持良好的个人卫生习惯，定期更换内衣裤，并做好消毒处理。
