人流后三天肚子疼腰疼可能是术后子宫收缩引起的正常生理反应，也有可能是存在感染等病理因素导致的异常表现。

人流术中使用的器械可能会对宫颈及子宫产生一定的损伤，这些创伤在术后需要一定时间来修复。在此过程中，身体会释放炎症因子，引起局部肌肉收缩和疼痛，从而表现为肚子疼和腰疼的症状。

如果疼痛持续不缓解或者伴有其他不适症状，建议及时就医进行进一步检查，如B超检查，以排除宫腔内是否有残留物或其他并发症的存在，并接受适当的治疗。

此外，患者还可能出现阴道出血、恶心呕吐等症状，需密切观察病情变化。

总之，在人流手术后的恢复期间，应特别注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，以免加重腹痛和腰部不适感。若发现有发热、异味分泌物等异常现象，则可能是术后感染所致，应立即就诊。