男性根部右侧疼可能是由睾丸炎、附睾炎、精索静脉曲张、输尿管下段结石、前列腺炎等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便进行准确诊断和治疗。

1.睾丸炎

由于病原体感染导致炎症反应，引起局部组织水肿和渗出，从而出现疼痛。患者可在医生指导下使用抗生素进行抗感染治疗，如环丙沙星、左氧氟沙星等。

2.附睾炎

附睾炎通常由细菌逆行进入泌尿生殖道引起，当致病菌侵入时会引起局部炎症，刺激附睾组织，进而诱发疼痛。患者可遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等药物进行抗感染治疗。

3.精索静脉曲张

精索静脉曲张是由于血液回流不畅引起的血管扩张，使精索内的静脉丛异常伸长、迂曲，此时会导致阴囊内压力增高，进而引起右侧睾丸部位疼痛的症状。轻度精索静脉曲张可通过穿戴弹性内裤缓解，重度则需手术治疗，如开放手术或腹腔镜下精索静脉高位结扎术。

4.输尿管下段结石

输尿管下段结石移动时可能会损伤输尿管黏膜，引起输尿管痉挛性收缩，导致肾绞痛放射至睾丸处，表现为右侧睾丸疼痛的情况发生。对于较小的结石，可以通过大量饮水促进排泄。若结石较大，则需要考虑体外冲击波碎石术等方式进行处理。

5.前列腺炎

前列腺炎是由病原体感染或其他因素导致的前列腺炎症，炎症因子刺激局部组织，可能引起右侧睾丸区域不适。患者可以遵照医生的意见口服非那雄胺片、盐酸坦索罗辛缓释胶囊等药物改善病情。

建议患者定期进行体检，包括尿常规、超声波检查以及前列腺特异性抗原检测，以监测相关疾病的进展。日常生活中应保持良好的个人卫生习惯，避免过度劳累，以免加重不适症状。