新生儿呼吸衰竭是否会有后遗症取决于氧合障碍的程度及是否存在并发症。

轻度的新生儿呼吸衰竭，即Ⅰ型呼吸衰竭，通常是因为肺部暂时性的功能不全引起的，当原发病因去除后，肺部功能会逐渐恢复，一般不会遗留明显的后遗症。而严重的新生儿呼吸衰竭，即Ⅱ型呼吸衰竭，则可能是由一些慢性疾病所导致的，这些疾病可能会对肺部造成性的损伤，从而增加出现后遗症的风险。

新生儿呼吸衰竭可能伴随脑水肿、颅内出血等并发症，这些并发症可能导致神经系统后遗症。

在新生儿发生呼吸衰竭时，应尽快就医以评估其严重程度和治疗方案。必要时，可使用辅助通气或提供高流量氧气治疗，以改善氧合状态，减少潜在的后遗症风险。