肛门指检后小腹痛两天可能与局部损伤、感染或其他潜在疾病有关。

肛门指检是通过医生的手指进入患者的直肠来检查内部状况的一种方法，操作过程中会对肛门周围组织造成一定的刺激和压迫，可能导致局部毛细血管破裂出血，引起短暂的下腹部疼痛。如果疼痛持续时间较长，可能暗示有其他病因的存在，需进一步排查。

若患者在指检时发现有痔核或息肉等病变，此时可能会因为触碰而出现不适感，进而引发小腹疼痛的症状。此外，还应注意是否存在盆腔炎、结肠梗阻等情况。

在接受肛门指检后，应避免立即排便以减少对刚受检部位的影响，同时留意观察小腹痛症状的变化，以便及时发现异常情况并采取相应措施。