肛门指检一般情况下不会很痛，但如果存在痔核、肛裂等问题，则可能因为触碰而产生疼痛感。

肛门指检是将手指伸入患者的肛门内进行触诊的一种常规检查方法，以了解直肠及肛门部位的情况。在无特殊病变的情况下，这种操作并不会刺激到神经末梢，因此也不会引发明显的疼痛感觉。但对于有痔核、肛裂等疾病的人群而言，其肛门黏膜已处于充血、水肿状态甚至存在破损，此时进行指检则容易诱发或加重疼痛症状。

如果患者既往有肛周脓肿、肛瘘等情况，在进行肛门指检时可能会感到不适。这是因为这些疾病的炎症反应会导致局部敏感度增加，易引起疼痛。

进行肛门指检前应避免摄入含有利多卡因的食物或药物，以免影响检查结果，并且肛门周围皮肤保持清洁干燥也很重要。如有任何不适，请及时告知医生。