乌鲁木齐治疗卵巢囊肿最专业的医院可以考虑乌鲁木齐妇幼保健院、新疆维吾尔自治区人民医院、新疆医科大学靠前附属医院、新疆自治区中医医院和新疆自治区中医院等在内的不孕不育医院十佳排行榜单上的机构。由于卵巢囊肿的复杂性，建议在专业医生指导下进行诊治。
1.乌鲁木齐妇幼保健院
乌鲁木齐妇幼保健院是当地一所集医疗、保健于一体的三级甲等妇幼专科医院。该院擅长妇科内分泌疾病及不孕不育诊治，在卵巢囊肿方面具有丰富的临床经验。
2.新疆维吾尔自治区人民医院
新疆维吾尔自治区人民医院是一所集医疗、教学、科研为一体的大型综合医院。该院妇科专业致力于各类妇科疾病的诊疗与研究，对于卵巢囊肿的诊断与治疗有较高的水平。
3.新疆医科大学靠前附属医院
新疆医科大学靠前附属医院是新疆规模较大、学科门类较齐全的一所综合性医院。该院妇科为临床重点专科建设项目单位，其在卵巢囊肿的手术治疗方面技术较为成熟。
4.新疆自治区中医医院
新疆自治区中医医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中医医院。该院妇科以中医药为基础，配合现代医学手段治疗各种妇科疾病，对卵巢囊肿的中医辨证论治独具特色。
5.新疆自治区中医院
新疆自治区中医院是一所集中医、中西医结合医疗、教学、科研为一体的三级甲等中医医院。该院妇科在传统中医基础上，融合现代医学理念，针对卵巢囊肿提供个性化治疗方案。
卵巢囊肿患者应定期进行盆腔超声检查监测囊肿大小变化，避免过度劳累，保持良好的生活习惯。