遗精后小便疼痛可能是前列腺炎、尿道炎、尿路结石、精囊炎、输尿管炎等疾病的表现，这些疾病都可能导致泌尿系统感染或阻塞，从而引起尿道不适。建议患者及时就医，以便进行针对性治疗。

1.前列腺炎

由于炎症因子刺激局部组织，导致排尿时出现灼热感和刺痛。

患者可在医生指导下使用抗生素进行治疗，如头孢地尼、左氧氟沙星等药物控制感染。

2.尿道炎

致病菌侵入尿道黏膜引起炎症反应，在炎症因子的作用下会导致尿道充血水肿，从而引起排尿时疼痛的症状。患者可遵医嘱口服盐酸环丙沙星片、诺氟沙星胶囊等药物缓解不适症状。

3.尿路结石

尿路结石移动时可能会划伤尿道黏膜，导致遗精后小便时出现疼痛的情况发生。对于尿路结石引起的疼痛，可以考虑体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石术等方式进行处理。

4.精囊炎

精囊及其周围器官的炎症可能蔓延至邻近结构，包括输精管和膀胱，因此遗精后会出现小便时的疼痛。精囊炎通常采用抗生素治疗，例如多西环素、米诺环素等药物。患者需遵循医嘱选择合适的药物以减少耐药性风险。

5.输尿管炎

输尿管受到细菌入侵，会引起输尿管壁的炎症反应，当炎症累及到膀胱时，就会出现遗精后小便疼痛的现象。输尿管炎一般需要使用敏感的抗生素进行治疗，比如阿莫西林克拉维酸钾片、氨苄西林钠舒巴坦匹酯片等药物来改善病情。

建议患者定期复查泌尿系统超声以及尿液分析，监测病情变化。同时注意个人卫生，保持规律的作息时间，避免过度疲劳，以促进身体恢复。