肛门细菌感染导致疼痛可能是由肛门瘙痒症、肛裂、痔疮、肛周脓肿或肛瘘等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的诊断和治疗。

1.肛门瘙痒症

肛门瘙痒症是由于肛门周围皮肤受到刺激或炎症反应引起的，这些刺激可能来自于排泄物、汗液或其他分泌物。

这会导致局部皮肤干燥、发红和出现小水泡，从而引起瘙痒感。患者可以使用含有激素类药物成分的药膏进行局部涂抹，如氢化可的松乳膏、糠酸莫米松乳膏等，以减轻瘙痒症状。

2.肛裂

肛裂是指肛管皮肤层全层的小溃疡，其典型临床表现为肛门剧烈疼痛、便秘和出血。因为肛门内神经丰富，张力高且承受压力较大，容易损伤破裂。对于新鲜肛裂，可通过调整饮食结构以及口服缓泻剂来缓解症状，如麻仁丸、便通胶囊等；若为陈旧性肛裂，则需行手术治疗，如肛裂切除术、侧位内括约肌切断术等。

3.痔疮

痔疮是由直肠静脉曲张或肛门垫组织发生病理性改变形成的，当痔核形成并充血水肿时，就会产生肛门疼痛的症状。主要是由于肛门处的血管扩张、血流量增加所导致的。患者可以在医生指导下使用马应龙麝香痔疮膏、云南白药痔疮膏等药物进行治疗，也可以通过高锰酸钾溶液坐浴的方式缓解不适症状。

4.肛周脓肿

肛周脓肿通常由大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等细菌入侵肛门腺体引起，炎症因子刺激局部组织，进而诱发疼痛。此外还伴有发热、乏力等症状。患者可在医生指导下服用抗生素进行抗感染治疗，如头孢克肟颗粒、阿莫西林胶囊等；必要时也可遵医嘱使用非甾体抗炎药缓解疼痛，比如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等。

5.肛瘘

肛瘘多由肛隐窝炎所致，病变深入形成窦道，其中内容物积聚或合并感染时会引起肛门疼痛。由于瘘管壁受到炎症刺激或外口愈合不全，易反复破溃和流脓。患者需要及时就医，在医生的操作下进行切开引流术、挂线疗法等方式进行治疗。

建议定期进行肛门检查，以便早期发现和处理相关问题。日常生活中还要注意保持肛门部位清洁卫生，以免加重不适症状。