咽喉会厌囊肿不会自行消失。

会厌囊肿是由于会厌黏膜下的黏液腺管受阻导致黏液潴留而形成的一种良性病变，通常不会自行消失。如果不影响呼吸和吞咽功能，可以暂时观察；如果出现反复感染、增大等情况，可能需要手术治疗。建议患者定期复查，以便及时发现病情变化。

若会厌囊肿体积较大或伴有感染症状，则需考虑手术切除。

在诊断为会厌囊肿后，应避免食用过硬或刺激性食物，以减少对病变区域的摩擦和刺激。