自发性腹膜炎和继发性腹膜炎的致病菌不同，前者主要涉及肠道内正常菌群，后者则包含多种来源的细菌。

自发性腹膜炎是由于肠道内正常菌群通过各种途径移位至腹腔所致，因此致病菌以大肠埃希菌、梭状芽孢杆菌为主。而继发性腹膜炎可由多个部位的细菌污染引起，致病菌谱更广泛，包括但不限于沙门氏菌属。

若患者存在长期使用抗生素或免疫抑制剂史，则可能会影响机体防御机制，增加感染风险，此时需警惕耐药菌株的存在。

在治疗过程中，应密切监测患者的病情变化以及是否存在药物不良反应，并注意营养支持与电解质平衡。