低聚果糖本身并不会导致肥胖，但过多食用可能导致热量积累而间接引起肥胖。

低聚果糖在小肠内几乎不能被人体吸收利用，可促进肠道有益菌群生长，改善消化功能，进而减少有害物质产生，所以不会导致肥胖。但是大量摄入后，未被机体利用的低聚果糖会随血液循环进入肝脏，通过肝脏合成甘油三酯等脂肪类物质，并储存在皮下组织中，从而引起肥胖的发生。

若患者在服用低聚果糖期间还进食了高热量食物，则可能会增加肥胖的风险。

适量摄入低聚果糖对于大多数人群而言是安全的，但对于糖尿病或乳糖不耐受者，应咨询医生后再做决定。