先天性全结肠巨结肠通过及时、规范的治疗，如治疗性手术，有较好的预后，但无法达到彻底治愈的效果。

先天性全结肠巨结肠是因为胚胎期远端结肠神经节细胞迁徙异常所致，会导致结肠出现持续痉挛性收缩状态，进而影响粪便排出，形成巨结肠。这种疾病需要进行治疗性手术以恢复正常肠道功能，否则可能会引起长期便秘、腹胀等问题。尽管术后患者可能仍有轻微不适，但由于病变已被彻底移除，因此不会对生活质量造成持久影响。

如果患者存在巨球蛋白血症或自身免疫性疾病等并发症，则治疗难度会相应增加。这些并发症可能导致肠壁增厚加重，进一步阻碍大便排出，延长治疗周期。

在诊断为先天性全结肠巨结肠时，应尽早进行治疗性手术，以免因长时间的肠道积聚而引起严重的并发症。同时，家长需定期监测孩子的排便情况，并确保其摄入足够的水分和纤维素，以促进正常肠道蠕动。