黏膜下鼻咽癌通常不会引起头痛，但个别情况下也可能发生。

大多数情况下，鼻咽癌的症状与肿瘤位置有关，而与黏膜下还是其他部位无关。当肿瘤较大或者处于特殊位置时，会直接压迫神经或血管，此时就可能出现头痛的情况。如果患者出现了不明原因的头痛，应及时就医进行详细检查以确定具体原因。

若鼻咽癌出现颅内侵犯、脑实质转移等情况，则可能会导致头痛的发生。这主要是因为肿瘤向周围组织扩散，对神经系统造成压迫和刺激所致。

需要注意的是，在诊断黏膜下鼻咽癌的过程中，应避免剧烈运动，以免加重头痛症状。同时还要保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠时间，有利于缓解不适症状。